Su mitad occidental forma parte del Parque Natural de la Sierra de Andújar, y que se eleva bruscamente hasta alcanzar cotas superiores a los mil metros (Cerro de los Caballeros, con 1.093 m). Otros vértices importantes son Selladores (968 m), Peñón jurado (932 m), Alarcones (762 m) y moro (677 m).

El pasado de Baños de la Encina conserva las primeras evidencias de existencia humana en los yacimientos encontrados en las terrazas fluviales del valle del río Rumblar (Galay, Santa Inés o Angulo), datadas entre los años 1 00.000 y 30.000 a. C. la transición entre el Neolítico y la Edad de los Metales queda patente en la gran cantidad de pinturas rupestres esquemáticas que se localizan en abrigos y covachas al norte del término municipal. Aunque, quizás, la mayor riqueza arqueológica se corresponde con el pleno desarrollo de la cultura argárica en la cuenca media de¡ río Rumblar. También existen evidencias de asentamiento de la cultura ibérica (Salas de Galiarda) y de época romana.

En la Edad Media, con la ocupación árabe, agotada la principal fuente económica de otras épocas, la minería, se intensifica la especialización agraria, hasta el punto de convertir la zona más próxima al núcleo urbano, Valdeloshuertos, y el propio núcleo, en un verdadero paraíso artificial de agua y huertas a través de una compleja red de pozos, aterrazados bancales y acequias, que se desarrollaban bajo la atenta vigilancia de la fortaleza de Bury Al-Hamma, que ejercía un estricto control administrativo y económico de la zona, a la vez que servía como acuartela- miento de tropas y control y defensa de las poblaciones más al sur de Sierra Morena.